Commander Keen patrí medzi klasiky takzvaných side-scrolling hier (hry v ktorých sa obrazovka posúva iba doprava, alebo doľava). V hlavnej úlohe sa po prvý raz predstavuje 8-ročný Billy Blaze, ktorý cestuje vesmírom a hovorí si Commander Keen. Pointa hry je jednoduchá, prechádzať úrovne v ktorých zbierate rôzne predmety za ktoré dostávate body, vyhýbate sa nepriateľom, prípadne ich zneškodníte pomocou Raygunu. Na vyššie postavené miesta sa dá preskákať s Pogom, ktoré ale najprv musíte nájsť...